单位和常量
MDAnalysis轨迹的单位是长度的Å(ångström)和时间的ps(皮秒)。无论原始MD格式存储轨迹数据，MDAnalysis将其转换为MDAnalysis单位，并在写入数据输出。分析类通常也使用这些默认单位。默认单位的例外情况都在文档中注明;例如，质量密度可以用给出。
其他基本单位如下列出：
| 量 |
单位 |
SI单位 |
| 长度 |
Å |
|
| 时间 |
ps |
|
| 能量 |
kJ/mol |
|
| 电荷 |
e |
|
| 力 |
kJ/(mol Å) |
|
| 速度 |
Å/ps |
|
| 质量 |
u |
|
| 角度 |
° |
|
单位转化
可以使用convert()函数将量从一种单位转换为另一种单位。convert()函数只是将初始量乘以从get_conversion_factor()获得的预先计算好的转换因子。
每种量类型的计算转换因子存储在MDAnalysis.units 中，如下所示。
常数
长度
| 单位 |
Conversion factor |
| Å |
1.0 |
| Angstrom |
1 |
| angstrom |
1 |
| femtometer |
100000 |
| fm |
100000 |
| nanometer |
0.1 |
| nm |
0.1 |
| picometer |
100 |
| pm |
100 |
| Å |
1 |
密度
| 单位 |
Conversion factor |
|
1 |
|
1 |
| Molar |
1660.54 |
| SPC |
30.3718 |
| TIP3P |
29.8566 |
| TIP4P |
29.8864 |
|
1000 |
|
1000 |
| water |
30.0063 |
|
1 |
时间
| 单位 |
Conversion factor |
| AKMA |
20.4548 |
| femtosecond |
1000 |
| fs |
1000 |
| microsecond |
|
| millisecond |
|
| ms |
|
| nanosecond |
0.001 |
| ns |
0.001 |
| picosecond |
1 |
| ps |
1 |
| s |
|
| sec |
|
| second |
|
| us |
|
| μs |
|
电荷
| 单位 |
Conversion factor |
| Amber |
18.2223 |
| As |
|
| C |
|
| e |
1 |
速度
| 单位 |
Conversion factor |
| A/AKMA |
0.0488882 |
| A/fs |
1000 |
| A/ms |
1e-09 |
| A/ps |
1 |
| A/us |
|
| Angstrom/AKMA |
0.0488882 |
| Angstrom/femtosecond |
1000 |
| Angstrom/fs |
1000 |
| Angstrom/microsecond |
|
| Angstrom/millisecond |
|
| Angstrom/ms |
|
| Angstrom/picosecond |
1 |
| Angstrom/ps |
1 |
| Angstrom/us |
|
| Angstrom/μs |
|
| angstrom/femtosecond |
1000 |
| angstrom/fs |
1000 |
| angstrom/microsecond |
|
| angstrom/millisecond |
|
| angstrom/ms |
|
| angstrom/picosecond |
1 |
| angstrom/us |
|
| angstrom/μs |
|
| m/s |
100 |
| nanometer/picosecond |
0.1 |
| nanometer/ps |
0.1 |
| nm/ns |
100 |
| nm/ps |
0.1 |
| pm/ps |
100 |
| Å/ps |
1 |
力
| 单位 |
Conversion factor |
| J/m |
|
| N |
|
| Newton |
|
| kJ/(mol*A) |
1 |
| kJ/(mol*Angstrom) |
1 |
| kJ/(mol*nm) |
10 |
| kJ/(mol*Å) |
1 |
| kcal/(mol*Angstrom) |
0.239006 |
能量
| 单位 |
Conversion factor |
| J |
|
| eV |
0.0103643 |
| kJ/mol |
1 |
| kcal/mol |
0.239006 |
除了MDAnalysis的单位转换，也可使用一个网页转换工具: 原子单位转换
翻译https://userguide.mdanalysis.org/stable/units.html
