星星点灯

本文参考sobereva量子化学初级班大纲，通过网络搜索罗列了量子化学自学流程(主要参考sobereva、计算化学公社、知乎等)，仅供参考。

我们在此将要处理的测试文件是腺苷酸激酶(AdK)的运动轨迹，这是一种磷酸转移酶酶类。([BDPW09](https://userguide.mdanalysis.org/stable/references.html))这些轨迹展示了从闭合构象到开放构象的转变过程。

MDAnalysis的analysis模块提供了进行数据分析所需的工具。该软件包中包含了多种分析功能。这些分析涵盖了从标准算法（例如计算均方根量）到独特的算法（如路径相似性分析）等各类内容。

从拓扑和坐标文件读取信息创建Universe

MDAnalysis轨迹的单位是长度的Å(ångström)和时间的ps(皮秒)。无论原始MD格式存储轨迹数据，MDAnalysis将其转换为MDAnalysis单位，并在写入数据输出。分析类通常也使用这些默认单位。

在MDAnalysis中，静态数据存于您的universe拓扑中，而动态数据则来自“Universe.trajectory”中的轨迹数据。这些数据通常是从轨迹文件中加载的。

MDAnalysis 将有关Universe的静态数据分组到其拓扑中。这通常是从拓扑文件加载的。

可以通过使用 MDAnalysis 原子选择语言选择原子来创建 AtomGroups

MDAnalysis 有一个由原子容器组成的层级结构，该结构在代码中被广泛使用。

Universe包含分子系统的所有粒子。MDAnalysis将粒子称为Atom，无论它是否真是(例如，它可能是联合原子粒子或者粗粒化珠子)。Atoms被AtomGroup分组，Universe的主组可以通过Universe.atoms获取。