星星点灯

MDAnalysis 将有关Universe的静态数据分组到其拓扑中。这通常是从拓扑文件加载的。

可以通过使用 MDAnalysis 原子选择语言选择原子来创建 AtomGroups

MDAnalysis 有一个由原子容器组成的层级结构，该结构在代码中被广泛使用。

Universe包含分子系统的所有粒子。MDAnalysis将粒子称为Atom，无论它是否真是(例如，它可能是联合原子粒子或者粗粒化珠子)。Atoms被AtomGroup分组，Universe的主组可以通过Universe.atoms获取。

MDAnalysis 围绕两个基本类构建：Universe、AtomGroup。几乎MDAnalysis所有的代码都始于Universe，它包含了描述一个分子动力学系统的所有信息。

本指南旨在作为 MDAnalysis 的基本介绍，以帮助您入门并运行。您可以在示例notebooks中看到更复杂的任务。

简要记录了读取数据文件的各类包。

本文收集了50种水模型，按粒子数/极化、时间进行分类，对比各自的特点、参数、性能。

git-bash学习资料合集

简要记录了基于Hexo搭建本站的过程。